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Anatomisch gesehen kann man sich den Magen wie ein schräg im Oberbauch liegendes Croissant vorstellen. Neben dem Mageneingang (Magenmund, Kardia) bildet das obere Ende eine kuppelförmige Wölbung, den Magengrund (Magenfundus). Den größten Anteil macht der Magenkörper (Korpus) aus, der sich nach unten zum Antrum (Pförtner-Vorraum) verengt. Das untere Ende enthält den Magenpförtner (Magenausgang, Pylorus), der den Übergang zum Zwölffingerdarm (Duodenum) bildet und als Schließmuskel wirkt.
Während der Verdauung zieht sich die Magenwand immer wieder zusammen, bewegt den Speisebrei hin und her und schiebt ihn schließlich mittels peristaltischer Wellen weiter Richtung Magenausgang. Die Nahrung wird dabei immer weiter zerkleinert und unter Einwirkung des Magensafts für die chemische Verdauung vorbereitet, die sich im Dünndarm anschließt. Zahlreiche Drüsen und Zellen in der Magenschleimhaut bilden den Magensaft. Er enthält Salzsäure, die Krankheitserreger abtötet, Enzyme zur Eiweißverdauung (Pepsin und seine inaktive Vorstufe Pepsinogen), Schleimstoffe, die sich schützend auf die Magenschleimhaut legen sowie den Intrinsic factor (Intrinsic-Faktor), eine Eiweißverbindung, die zur Aufnahme von Vitamin B12 notwendig ist.
Die Nahrung verweilt unterschiedlich lange im Magen. Während Wasser schon nach etwa 20 Minuten den Magen verlassen hat, bleibt feste Nahrung so lange im Magen, bis die einzelnen Teile nur noch einen Durchmesser von weniger als 3 mm haben. Das kann mehrere Stunden dauern. Von den verschiedenen Nahrungsbausteinen bleiben die Fette am längsten, die Kohlenhydrate am kürzesten im Magen.
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