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Der Arzt erfragt zuerst die Vorgeschichte (Anamnese) der Beschwerden. Anschließend beginnt er mit der körperlichen Untersuchung des Patienten, indem er zuerst die Analregion des Patienten genau betrachtet. Oft sieht er hier schon Veränderungen, die im Zusammenhang mit der Vorgeschichte für eine Diagnose richtungweisend sein können, z. B. harmlose, aber bisweilen schmerzhaft entzündete Analfalten (Marisken) oder ebenso schmerzhafte Einrisse der Analschleimhaut (Analfissuren).
Eine vorsichtige Tastuntersuchung des Enddarms (Rektaluntersuchung, Austasten des Enddarms) mit dem Finger weist, wenn Veränderungen des Analkanals und der Darmwand auffallen, auf von außen nicht sichtbare Hämorrhoiden oder auf eine Tumorerkrankung hin. Bei dieser Untersuchung liegt der Patient auf der linken Seite und hält Hüften und Knie gebeugt. Der Arzt führt seinen behandschuhten Zeigefinger mithilfe von Gleitgel ein und tastet den Darm rundum aus. Sobald der Finger ganz im Analkanal ist, wird der Patient aufgefordert, mit der Analmuskulatur Druck auf den Finger des Arztes auszuüben. Die Untersuchung löst manchmal Stuhldrang aus, ist aber ansonsten schmerzlos. Nach dem Herausziehen des Fingers kontrolliert der Arzt den Handschuh auf eventuelle Auflagerungen von Stuhl, Blut oder Eiter.
Bei der Enddarmspiegelung (Mastdarmspiegelung, Rektoskopie) werden Mastdarm und die untersten Zentimeter des Sigma-Kolons mit einem 30 cm langen, starren Endoskop untersucht.
Der Patient muss nicht nüchtern sein, denn der Mastdarm wird eine halbe Stunde vor der Untersuchung mithilfe eines Einlaufs von Stuhlresten gereinigt. Das mit einem Gleitmittel bestrichene Rektoskop wird vorsichtig in den Darm eingeführt. Damit sich die Mastdarmschleimhaut besser entfaltet, wird etwas Luft eingeblasen. Während der Untersuchung kann der Arzt Gewebeproben entnehmen, Polypen abtragen und Hämorrhoiden behandeln. Werden nur Analkanal und Ampulle des Mastdarms (z. B. im Rahmen der Hämorrhoidendiagnostik) untersucht, spricht der Arzt von Proktoskopie.
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